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Globalmente, los ecosistemas están disminuyendo a un ritmo sin precedentes. La pérdida de biodiversidad como consecuencia de diversos factores, como degradación de ecosistemas naturales, sobreexplotación de recursos silvestres, impacto del cambio climático, entre otros, generan señales que un sistema biológico se acerca a su cambio de estado desde el colapso de especies hasta del ecosistema.

En Bolivia urge la necesidad de contar con un mejor control de los ecosistemas en riesgo, ya que serviría como un componente esencial de una solución integrada de monitoreo para la biodiversidad

La implantación en los últimos años de políticas públicas que favorecen a los asentamientos y colonización de tierras públicas hacen que muchos de los ecosistemas estén en camino a desaparecer, muchos de ellos aún muy poco estudiados o conocidos. Los ecosistemas boscosos son los más sensibles a ser impactados; hasta 2020 se perdieron aproximadamente 4.6 millones de hectáreas de bosque en las tierras bajas del país, correspondiendo a un 10% del área originalmente cubierta.

 Las causas de esta deforestación son variadas pero entre las principales se puede identificar la expansión de la ganadería, la agricultura mecanizada de mediana y gran escala, la agricultura a pequeña escala y la toma de tierras por parte de personas ajenas al lugar donde han estado chaqueando y quemando gran parte de los bosques. En el Departamento de Santa Cruz, la región de la Chiquitania presenta las más altas tasas de cambios debido a la expansión de los asentamientos ilegales. Esta región se caracteriza por presentar la mayor extensión de la ecorregión del bosque seco chiquitano, caracterizada por tener un alto valor de conservación

Sin embargo, para que se puedan mantener los grandes carnívoros, como el jaguar, debemos tener parques bien conectados de más de un millón de hectáreas o entre 1 a 10 millones de hectáreas para mantener poblaciones viables del águila coronada (Harpyhaliaetus coronatus). Como vimos en las Figuras 1 a 3, en el departamento de Santa Cruz tenemos parques enormes como el Kaa-Iya o el Noel Kempff, pero muchas de las áreas departamentales y municipales son relativamente pequeñas. Si las tendencias de ampliación de la frontera agropecuaria continua en los próximos cincuenta años así como el desarrollo de la infraestructura vial y las megas obras hidráulicas, se perderá la conexión que actualmente existen entre las áreas silvestres. Como consecuencia de ello y al impacto del cambio climático, muchas especies de plantas y animales no podrán mantener poblaciones saludables y se irán extinguiendo de manera dramática, inclusive aquellas que por ahora ni sabemos de su existencia.

Contamos con varios proyectos de protección y desarrollo de los pueblos indígenas originarios, entre ellos los pueblos Guarayos y Chiquitanos.